Дата принятия: Утверждён решением думы Ембаевского муниципального образования №53 от 14 октября 2008 года.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №4383.
Описание: "Прямоугольное синее полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, несущее вдоль древкового края белую полосу шириной в 1/5 от длины полосы, по центру белой полосы помещено изображение трёх синих восьмиконечных звёзд, а по центру синей части – белого прорастающего тюльпаном полумесяца".
Обоснование символики: Серебряный полумесяц служит указанием на основание села Ембаево выходцами из Бухары, а также на работу в этом поселении старинного и известного медресе. Количество звёзд указывает на число входящих в муниципальное образование поселений, а сине-белая гамма герба символизирует собой мирный труд и природное благородство местных жителей.
Источники.