Дата принятия: Флаг Шегарского района утверждён решением думы Шегарского района №112 от 21 сентября 2021 года.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №13988.
Описание: "Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, на всю поверхность которого распространена композиция из герба муниципального образования, фигуры которого выполнены в зелёном, белом, жёлтом и голубом цветах".
Обоснование символики: Перевязь символизирует реку Обь, колосья – сельское хозяйство, мельничное колесо – гласный символ (Мельниково – центр района). Применённые цвета обозначают:
– Зелёный цвет (зелень) – символ весны, радости, надежды, жизни, здоровья, изобилия, природы, лесов и земледелия, молодости, самой жизни.
– Жёлтый цвет (золото) символизирует богатство, справедливость, стабильность, уважение, великодушие.
– Белый цвет (серебро) – цвет совершенства, благородства и веры. Кроме того, серебро отображает суровый (холодный) сибирский климат.
– Голубой, синий цвет (лазурь) – символ возвышенных устремлений, искренности и добродетели, а также цвет водных объектов и чистого неба.
Источники. Сайт Шегарского района, 2023 год.