Дата принятия: Флаг ЗАТО город Северск утверждён решением собрания народных представителей ЗАТО Северск №48/19 от 21 марта 2004 года.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №1495.
Описание: "Флаг ЗАТО Северск представляет собой прямоугольное полотнище с соотношением ширины флага к его длине - 2:3. Фон полотнища серебряный (белый), что соответствует цвету поля герба ЗАТО Северск. В центре полотнища размещён шар, окружённый пятнадцатью скрещивающимися вытянутыми кольцами, собранными по пять, и оливковым венком. Все фигуры лазоревые (синие, голубые). Обратная сторона флага зеркально повторяет его лицевую сторону".
Обоснование символики: Шар и окружающие его скрещивающиеся кольца составляют символический стилизованный знак атома, который служит эмблемой атомного производства, благодаря которому был создан город Северск, а затем - закрытое административно-территориальное образование Северск. Оливковые ветви (символ мира), обрамляя центральную фигуру, указывают на созидательный, мирный характер атомного производства, говорят о победе человека, подчинившего себе атом. Лазоревый (синий) цвет геральдических фигур говорит о красоте и молодости ЗАТО Северск, величии труда его жителей. Серебряное (белое) поле, в котором размещена композиция, - символ мира, невинности и чистоты".
Источники.