Село Мельниково является административным центром сельского поселения Шегарское и Шегарского района.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Село Мельниково расположено на реке Мундрове. Согласно монографии Н. Ф. Емельянова, село было основано в 1782 году. Документы переписи 1926 года указывают на ещё более раннюю дату возникновения деревни Мельникова на реке Мундрове - 1616 год. 20 января 1936 года учреждается Шегарский район с центром в селе Богородском, в 1935 году переименованном в Шегарское (ныне известно под именем Старая Шегарка и находится в 6 км от Мельниково). В 1938 году, в связи с постоянными весенними разливами реки Обь, Шегарский райисполком инициировал перенос райцентра в Мельниково, однако фактически райцентр был перенесён в 1941 году. Статус и границы сельского поселения Шегарское установлены законом Томской области от 10 сентября 2004 года №206-ОЗ «О наделении статусом муниципального района, сельского поселения и установлении границ муниципальных образований на территории Шегарского района».