Дата принятия: Утверждён решением Совета Заинского муниципального района №98 от 26 декабря 2006 года.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №2878.
Описание: "Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, разделённое в виде креста на четыре равные части: 2 красные и 2 зелёные попеременно. Зелёная часть у древка несёт белое изображение свитка с пером, другая зелёная часть - жёлтое изображение тамги, на скрещении - жёлтый диск солнца, лучи которого показаны лишь на красных частях полотнища".
Обоснование символики: Флаг Заинского района разработан на основе герба района, который языком символов и аллегорий отражает природные, экономические и историко-культурные особенности края. Центральная фигура - солнце (образ света, энергии, тепла) символизирует развитый энергетический комплекс района, стремление к прогрессу и процветанию. Свиток и гусиное перо олицетворяют богатые традиции духовной культуры района, славящегося именами знаменитых писателей, поэтов, просветителей, деятелей науки, образования и искусства. Древний тюркский знак - тамга, представляет собой обобщённый символ преемственности поколений, исторической памяти, патриотизма, заботы об историко-культурном наследии края. Зелёные части обозначают природное богатство района, развитое сельскохозяйственное производство. Цветовое решение флага с использованием красного и зелёного цветов символически отражает многонациональный и поликонфессиональный состав жителей района. Жёлтый цвет (золото) - символ урожая, богатства, стабильности, уважения и интеллекта. Белый (серебро) - чистота родниковой воды, совершенство, благородство, взаимопонимание. Зелёный цвет - символ природы, здоровья и жизненного роста, надежды. Красный цвет - символ мужества, силы и красоты, праздника.
Авторская группа: геральдический совет при президенте республики Татарстан совместно с Союзом геральдистов России в составе: Рамиль Хайрутдинов (г. Казань), Радик Салихов (г. Казань), Ильнур Миннуллин (г. Казань), Константин Мочёнов (г. Химки), Оксана Афанасьева (г. Москва), Вячеслав Мишин (г. Химки).
Источники. Справочно-правовая система "ГАРАНТ"; сайт "Территориальная геральдика республики Татарстан", 2013 год.