Дата принятия: Флаг станицы Лысогорской утвержден решением совета депутатов №40/6 от 19 декабря 2007 года.
В Государственный геральдический регистр России внесён 27.02.2008 года под №3893.
Описание: "Флаг станицы Лысогорской создан на основании герба. Флаг представляет собой жёлтое полотнище, в центре которого - изображение червлёной сторожевой вышки. Вдоль верхней части флага красная полоса в 1/8 ширины полотнища, вдоль нижней части синяя полоса в 1/4 ширины флага, посередине которой серебряный крест".
Обоснование символики: Вышка напоминает о происхождении станицы от казачьего сторожевого поста на горе Лысой. Крест подчёркивает "приверженность населения к христианской вере и православным духовным ценностям". Георгиевская форма креста напоминает о первопоселенцах - казаках из Георгиевской крепости.
Авторская группа: с участием Н. А. Охонько.
Источники. Книга Н. А. Охонько "Символы малой Родины".