Дата принятия: Герб и флаг муниципального образования "город Кронштадт" утверждены Решением муниципального совета №38 от 24 августа 2006 года. Тогда же утверждено Положение о гербе МО город Кронштадт и Положение о флаге МО город Кронштадт.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №2450.
Описание: "Флаг муниципального образования города Кронштадта представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины флага к длине - 2:3, воспроизводящее композицию герба муниципального образования города Кронштадта в голубом, белом, красном, зелёном, чёрном и жёлтом цветах".
Обоснование символики: Флаг составлен на основании герба муниципального образования город Кронштадт, в соответствии с традициями и правилами вексиллологии и отражает исторические, культурные, социально-экономические, национальные и иные местные традиции. За основу герба муниципального образования город Кронштадт взят исторический герб портового города Кронштадта Санкт-Петербургской губернии. Императорская корона, венчающая маяк говорит о том, что Кронштадт - крепость, защита Петербурга, и о том что Кронштадт - столица Российского флота. Корона — память об основателе Кронштадта и русского флота - Петре I. Датой основания города принято считать 18 мая 1704 года, когда при личном участии Петра I освящён первый морской форт Кроншлот (нидерл. Kronslot - коронный замок). Маяк был установлен на острове ещё до постройки крепости. Первоначально город именовался «крепостью на Котлине острове». Город и крепость на острове Котлин 18 октября 1723 года по велению Петра I получили современное название Кронштадт (нем. Kronstadt - коронный город). Город был создан по замыслу царя Петра I. Предназначение города - стать форпостом государства на западе, городом, где вся жизнь подчинена военно-морскому флоту. За всю свою историю Кронштадт не пропустил ни одного вражеского корабля и ни разу нога неприятеля не ступала на его землю. Чёрный котёл на зелёном острове - одна из версий происхождения названия острова Котлин. Эту легенду предложил Н. А. Бестужев, один из братьев-декабристов, историограф флота. Пётр I, высадившись на остров, обнаружил на острове котёл, оставленный бежавшими шведами. Но, разумеется, это легенда, и остров имел своё название ещё в давние времена. Белый цвет (серебро) - чистота, невинность. Красный цвет - цвет Марса, бога войны, то есть обозначает, что Кронштадт - город военный. Символ храбрости и мужества. Голубой цвет (лазурь) - цвет моря - военный город на море, город морской славы России. Символ красоты и величия. Зелёный цвет - надежда, изобилие.
Пояснение: По сообщниям Источников изготавливаются и варианты флагов Кронштадта с якорями в углах.
Источники. Cайт города Кронштадт, 2009 год.