Дата принятия: Утверждён решением Батайской городской Думы от 20.10.2005 года №4.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №2031.
Описание: "Флаг гоpода Батайска пpедставляет собой пpямоугольное голубое полотнище с отношением шиpины к длине 2:3, вдоль нижнего кpая изобpажена зелёная полоса в 3/10 шиpины полотнища, посеpедине зелёной полосы - гоpизонтальная волнистая полоса в 1/15 шиpины полотнища, в свою очеpедь состоящая из тpёх одинаковых пpодольных полос: белой, синей и белой; в голубой части полотнища вплотную к зелёной полосе - жёлтая каменная аpка с сидящим на ней оpлом".
Обоснование символики: Флаг разработан на основе герба города, фигуры которого в аллегорической форме символизируют название города и его географическое положение. Начало заселения современной территории города относится к периоду Азовских походов Петра I, официальным же годом основания Батайска (прежде - слободы) считается 1769 год. Мощным толчком в социально-культурном развитии Батайска стало строительство железной дороги. Современный город Батайск расположен на месте пересечения древних торговых путей. Издревле это место считалось Воротами Кавказа, что символизирует арка с орлом. Скульптура орла, выполненная в XVIII веке А. М. Опекушиным и установленная в Пятигорске, стала впоследствии символом Кавказа. В нижней части флага отражено название города, изображённое в иносказательной форме. В переводе с тюркского "Ба-Тай-Су" - влажная низина с ручьём (рекой). Жёлтый цвет (золото) - символ постоянства, богатства, великодушия. Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания. Голубой цвет - символ чести, благородства, духовности. Зелёный - символ природы, здоровья, жизненного роста.
Авторская группа: Юрий Назаров (г. Батайск), Владимир Олейников (г. Батайск), Александр Чамуха (г. Батайск), Андрей Горшков (г. Батайск), Константин Мочёнов (г. Химки), Анна Назарова (г. Батайск), Игорь Линник (г. Ростов-на-Дону), Татьяна Говорухина (г. Батайск), Наталья Атрохова (г. Батайск), Михаил Белозеров (г. Батайск), Кирилл Переходенко (г. Конаково), Галина Русанова (г. Москва).
Источники.