Дата принятия: Утверждён решением Собрания представителей Иссинского района №305-35/1 от 31 августа 2006 года.
В Государственный геральдический регистр Российской Федерации флаг внесен под №2503.
Описание: "Прямоугольное скошенное бело-красное полотнище с соотношением сторон 2:3, несущее в середине красно-серебряную ветку ивы, положенную по линии скошения, листьями вверх.
Обоснование символики: Флаг Иссинского района разработан на основе герба района. Районный центр Исса основан на рубеже XVII - XVIII веков и назван по реке, на которой построен. В документах XVII века он упоминается как Иса. Вероятно, названия речки и поселения связаны с мордовским "иса" (ива). Возможно, названия произошли от древнего финно-угорского "ис" - вода, река (сравните марийское слово "икса - ветвь, протока", которое могло произноситься без "к" - "иса"). Известно, что ива растёт по берегам водоёмов, рек, прудов. Поэтому близость двух вариантов происхождения названия районного центра отражена в гербе веткой ивы, которая внешним видом напоминает протоки, ручейки собирающиеся в одну широкую водную артерию. Важной вехой в истории района стал то, что с XVIII века здесь находилось имение графов Воронцовых, что символически отражено на флаге диагональным делением флага на красную и белую части - так же как разделён щит герба графов Воронцовых (ОГДРРИ т. I, 28). Красный цвет - символ мужества, жизнеутверждающей силы и красоты, праздника. Белый цвет - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания.
Авторская группа:
идея флага: Константин Мочёнов (г. Химки), Александр Тюстин (г. Пенза), Игорь Шишкин (г. Пенза);
художник: Оксана Фефёлова (г. Балашиха);
компьютерный дизайн: Галина Русанова (г. Москва);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (г. Химки).
Источники.