Дата принятия: Утвержден решением Совета депутатов Гайского района (№36) от 30 января 2006 года.
В Государственный геральдический регистр Российской Федерации герб внесён под №2137.
Описание: Пpямоугольное полотнище с отношением шиpины к длине 2:3, воспpоизводящее композицию геpба: полотнище pазделено по веpтикали на две части: белую - в 2/3 длины полотнища и голубую - в 1/3, повеpх котоpых вдоль нижнего кpая изобpажена зелёная полоса в 1/6 шиpины полотнища; посеpедине белой части вплотную к зелёной полосе малиновым цветом изобpажена скала с сидящим на ней чёpным оpлом, обpащённым в стоpону свободного кpая, у котоpого над зеленой полосой воспpоизведено восходящее солнце из геpба pайона.
Обоснование символики: Флаг Гайского района разработан на основе герба, который отражает исторические и географические особенности района. Формирование Гайского района произошло не сразу, несколько раз менялось название района, его центр, территория. Ранее Гайский район был частью Орского района, что нашло отражение на флаге - чёрный орёл сидящий на скале - фигура орского герба. В геральдике орёл с распростёртыми крыльями символизирует стремление вперед, в будущее, способность человека преодолевать трудности. Цвет скалы - геральдический пурпур созвучен, цвету необработанной яшмы, залежи которой находятся на территории района. Восходящее солнце указывает на географическое расположение района в восточной части Оренбургской области. Солнце - символ света, знания, изобилия. Зелёная земля символизирует сельскохозяйственное производство в районе. Зелёный цвет в геральдике - символ плодородия, природы, роста, надежды. Белый цвет (серебро) - символ совершенства, мудрости, мира и взаимного сотрудничества. Жёлтый цвет (золото) - символ богатства, постоянства, прочности, великодушия. Голубой цвет - символ возвышенных устремлений, мышления, искренности и добродетели. Чёрный - мудрость, скромность, честность. Малиновый (пурпур) - символ достоинства, славы, почёта.
Авторская группа:
идея флага - Константин Мочёнов (г. Химки),
обоснование символики - Кирилл Переходенко (г. Конаково),
художник - Роберт Маланичев (г. Москва),
компьютерный дизайн - Галина Русанова (г. Москва).
Источники.