Дата принятия: Герб города Купино утверждён Решением Совета депутатов города Купино Новосибирской области от 15 июня 2011 года №74 "Об утверждении герба и флага города Купино".
В Государственный геральдический регистр России внесён под №7111.
Описание: "Флаг города Купино основан на городском гербе и представляет собой прямоугольное полотнище, состоящее из трёх разновеликих горизонтальных полос синего, жёлтого и зелёного цветов, с изображением двух сообращённых белых лебедей и между ними с жёлтым опрокинутым клином, опускаемым до середины флага. На жёлтом клине изображена Купина в соответствии с гербовым изображением. Отношение ширины полос - 36:1:3. Отношение ширины флага к его длине 2:3. Купина представляет собой прямой крест в виде червлёных языков пламени с размещёнными между ними зелёными листьями".
Обоснование символики: Белые лебеди в синем поле указывают на природные особенности города Купино, основанного на берегу озёр Моховое, Галютиха и Садовое, в которых проживают лебеди, ставшие символом чистоты, верности и семейных ценностей. Зелёная и жёлтая полосы символизируют Моховое озеро - место основания города. Символ Купино - огненный крест - создаёт гласность флагу города Купино, основанного в день церковного праздника Неопалимой Купины, данная фигура также используется и на флаге Купинского района, что указывает на связь двух муниципальных образований.
Автор: А. Ю. Журавков.
Источники. Сайт Сибирской геральдической коллегии, 2015 год; сайт ЦТП "Феникс", 2015 год.