Административным центром Чистоозёрного района является посёлок городского типа Чистоозёрное.
 
Гербы и эмблемы имеют также входящие в состав района административно и расположенные в нём территориально следующие муниципальные образования, населённые пункты и др.: сп. Журавский с/с.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Первые русские поселения на территории района - Редкий, Юдино, Канавы - возникли в конце XVII века в окрестностях озера Чаны, что позволило их жителям заниматься помимо сельского хозяйства рыболовством и охотой. Большинство крупных сёл основано в конце XIX - начале XX веков. Коренным образом на развитие района повлияло строительство в 1914 году железной дороги из Татарска в Кулунду. Дорога прошла в стороне от Юдино, началось бурное развития села Чистоозёрное. Ещё одним поворотным моментом в жизни села стало осушение Юдинского плёса озера Чаны в 1970-е годы, которое привело к запустению старейших сёл, располагавшихся по берегам плёса. В 1925 году был образован Юдинский район с центром в селе Юдино в составе Барабинского округа Сибирского края, с 1930 года в составе Западно-Сибирского края. В 1935 году райцентр был перенесен в село Чистоозёрное, а район переименован в Чистоозёрный. В 1937 году район был включён в состав вновь образованной Новосибирской области, обрёл современные границы в 1965 году.