Дата принятия: Утверждён решением четвертой сессии Совета депутатов Болотнинского района Новосибирской области первого созыва №32 от 30 марта 2005 года.
В Государственный геральдический регистр Российской Федерации внесён под №1861.
Описание: "В скошенном справа щите вверху - в лазоревом поле выходящее золотое солнце о 15 лучах (без изображения лица), внизу - в зелёном поле серебряная подкова, обращённая концами вниз. Сквозь подкову проходят две серебряные стрелы, положенные в правую перевязь. Правая из стрел обращена остриём вверх, левая стрела обращена остриём вниз".
Обоснование символики: Зелёный цвет - символ надежды, изобилия, возрождения, жизненных сил, олицетворяет Кулундинскую степь, на просторах которой раскинулся Баганский район. Золотой шар солнце, дающее тепло и жизнь всему живому, в гербе символизирует радушие и гостеприимство жителей района. Летящая утка символизирует природное своеобразие района, его бесчисленные озёра, многие из которых солёные, а также говорит о названии района. "Баган" в переводе с тюркского обозначает "топкое место". Золотые колосья на зелёном поле символизируют развитое земледелие, составляющее основу экономики района.
Авторы: Журавков А. Ю., Кошелев А. В., Мелихов С. М., изобразил герб - Журавков А. Ю.
Источники. Сайт Сибирской геральдической коллегии.