Дата принятия: Утверждён решением Совета депутатов МО "Шоинский сельсовет" №28 от 27 мая 2010 года.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №6345.
Описание: "Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух горизонтальных полос белой и голубой, в соотношении 1:3, и воспроизводящее фигуры из герба сельсовета, выполненные голубыми (на белой полосе) и белыми (на голубой полосе) цветами".
Обоснование символики: Флаг Шоинского сельсовета отражает исторические, экономические и природные особенности этого муниципального образования, в состав территории которого входят село Шойна и деревня Кия, расположенные за Полярным кругом. Населённые пункты возникли в устье одноимённых тундровых речек впадающих в Белое море в двадцатых-тридцатых годах прошлого столетия. До этого здесь были лишь небольшие становища кочевых ненцев. Административным центром Шоинского сельсовета является село Шойна. Основные цвета герба (серебро и лазурь) символически отражают естественные цвета природы сельсовета: снежные просторы бескрайней зимней тундры, и цвет воды (Белого моря). Геральдическая фигура стропило - аллегория ненецкого чума, символизирует национальные особенности поселения и его принадлежность к Ненецкому автономному округу. Расположение Шоинского сельсовета за Полярным кругом символизирует серебряный диск зимнего солнца. Летящие гуси - символ государственного природного заказника, расположенного между реками Шойна и Торна - места гнездования ценных и редких птиц Заполярья. Лодка напоминает о временах, когда к причалам Шойны подходили иностранные суда плывшие к тому месту, где в амбаре купцы хранили свои товары. По одной из версий топоним "Шойна" связан с устаревшим немецким Scheune, что переводится как "амбар". Маяк в гербе - это стилизованный образ действующего и в настоящее время Шойненского морского маяка. Маяк - символ надежды, предупреждения и сообщения.
Авторская группа:
идея: Людмила Коткина, Владимир Коткин (с. Шойна);
геральдическая доработка: Константин Мочёнов (г. Химки);
компьютерный дизайн: Ирина Соколова (г. Москва);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (г. Химки).
Источники.