Дата принятия: Положение о флаге Пустозёрского сельсовета принято решением совета депутатов муниципальное образование "Пустозёрский сельсовет" Ненецкого автономного округа №73 от 28 июня 2006 года.
Описание: "Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, разделённое по диагонали на красную (вверху у древка) и синюю части, в центре которого – фигура из герба муниципального образования «Пустозёрский сельсовет» Ненецкого автономного округа (одномачтовый корабль с парусом, флюгером и носовым украшением в виде головы северного оленя) белого цвета".
Обоснование символики: Трёхцветие флага повторяет цвета флага России. Синий цвет символизирует реку Печору и подчёркивает тот факт, что все три населённых пункта расположены по берегам этой реки, которая является водной артерией. Синий цвет - это ещё и цвет божьего благословения. Красный цвет символизирует мужество, красоту и жизнь. Белый цвет – цвет спокойствия, мира, благородства. Равносторонний треугольник белого цвета символизирует свободу волеизъявления граждан и их равенство. Расположенные на треугольнике буквы «ПС» означают наименование муниципального образования «Пустозёрский сельсовет".
Источники. Официальный сайт МО "Пустозёрский сельсовет".