Дата принятия: Герб и флаг муниципального образования Щукино утверждены решением муниципального собрания от 2 июня 2005 года №9/2. Те же самые герб и флаг переутверждены уже для муниципального округа Щукино решением совета депутатов муниципального округа Щукино в городе Москва №20-04 от 15.12.2022 года.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №14350.
Описание:
2005 года: "Флаг муниципального образования Щукино представляет собой двустороннее, прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3. Полотнище флага состоит из двух горизонтальных полос, верхней, голубой, шириной 5/24 ширины полотнища, и жёлтой. В центре голубой полосы помещено изображение белой щуки. Габаритные размеры изображения составляют 1/2 длины и 1/5 ширины полотнища. В центре жёлтой полосы помещено изображение знака атома чёрного круга, в окружении двух вытянутых чёрных колец. Габаритные размеры изображения составляют 1/2 длины и 7/16 ширины полотнища".
2022 года: "Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух горизонтальных полос: синей составляющей 1/3 ширины полотнища и под ней жёлтой. В центре полос помещены фигуры из герба муниципального округа с заменой серебра белым и серым цветом".
Обоснование символики:
2005 года: Знак атома символизирует находящийся на территории муниципального образования Курчатовский институт и комплекс других крупных научно-исследовательских институтов. Щука на голубой полосе флага символизирует древнее (XV-XVII века) село, а затем деревню Щукино. Деревня находилась на берегу Москвы-реки, в 1701 году при ней числился пруд, богатый рыбой, и мельница на реке Химке. Древнее название деревни воплотилось в современном названии территории, а изображение щуки вошло на флаг как гласный символ муниципального образования.
Источники. Издание "Символика Москвы". М: Профиздат. - 2003 год.