Дата принятия: Флаг МО Марфино утверждён решением муниципального Cобрания от 18 мая 2004 года №МС/3-3.
Описание: "Флаг муниципального образования Марфино представляет собой двустороннее, прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3. Полотнище разделено диагонально из верхнего угла, прилегающего к древку, на верхнюю зелёную и нижнюю голубую части. В центре полотнища помещено изображение берёзового листа, наклонённого от древка. Берёзовый лист разделён на обращённую к древку белую и жёлтую части. Габаритные размеры изображения составляют 3/10 длины и 1/2 ширины полотнища. Между изображением берёзового листа и верхним, прилегающим к древку углом полотнища помещено изображение жёлтого знака интеграла, между изображением берёзового листа и нижним, противоположным древку углом полотнища - изображение белого знака интеграла".
Обоснование символики: Лист берёзы, разделённый на белую и жёлтую части, а также жёлтый и белый знаки интеграла символизируют нахождение на территории муниципального образования ведущего научного учреждения в области исследования растений - Института физиологии растений имени К. А. Тимирязева. Зелёная часть полотнища символизирует леса, произраставшие в Марфино. Голубая часть полотнища символизирует память о прудах и речке Каменке, ныне исчезнувшей в подземной трубе.
Источники. Издание "Гербы и флаги муниципальных образований города Москвы". Часть 1. М., 2004 год.