Муниципальный округ «Головинский» входит в состав Северного административного округа.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. В истории Головинского района переплелись истории трёх сёл: Никольского, Головина и Михалкова. История каждого из них по-своему удивительна и неповторима. О селе Никольском первые упоминания в документах появляются уже в 1498 году, а о селе Головино - в начале XVI столетия. Последнее было для московских дачников и паломников культурным и духовным центром благодаря Казанской Головинской обители, построенной в конце XIX века. Усадьба Михалково, которая была построена в XVII веке, принадлежала в своё время людям, оставившим немалый след в российской истории. Среди них и Екатерина Дашкова - участница дворцового переворота, приведшего на русский престол её тезку, Императрицу Екатерину II, граф Н. И. Панин - вице-канцлер и воспитатель молодого наследника престола, генерал-аншеф П. И. Панин, участник русско-турецкой войны, внёсший впроект усадьбы идею реминисценций о покорённой крепости Бендеры. Существуют веские основания полагать, что автором проекта являлся В. И. Баженов. Название района «Головинский», по мнению большинства историков и краеведов, происходит от прозвища первого местного землевладельца, боярина Ивана Ховрина - Голова. После разрухи Смутного времени Головино поднимается довольно быстро. Причина проста: царь Михаил Федорович, первый из Романовых, полюбил Марию Хлопову - дочь Гавриилы Васильевича Хлопова, владельца этого имения. Однако интриги Салтыковых (родственников матери молодого царя) расстроили свадьбу, и всех Хлоповых либо сослали в Сибирь, либо лишили средств к существованию. Селение приходит в упадок. За два с половиной века Головино несколько десятков раз меняет владельцев. Лишь 1850 году здесь появляется типично помещичья усадьба - одноэтажный с парадного фасада и двухэтажный со двора главный дом, крытая терраса, длинный деревянный флигель, предназначенный для торжеств и балов. При входе в небольшую рощу была оранжерея, сразу же прославившаяся на всю округу своими персиковыми деревьями. Владелица усадьбы в 1860-1870 годы В. И. Головина была человеком глубоко религиозным, давала приют странникам и богомольцам. И после её смерти в 1880 году здесь сначала устроили дом-богадельню, а спустя год - Казанскую религиозную православную женскую общину. В 1882 году община построила церковь Казанской иконы Божьей Матери. Позже указом Александра III за общиной были закреплены окрестные земли, а в 1886 году Синод постановил переименовать общину в Казанский Головинский общежитейский монастырь. При монастыре открыли больницу, богадельню, школу. В Первую мировую войну сёстры-насельницы выхаживали раненых, собирали тёплые вещи и книги для воевавших. Отношения с советской властью сначала были взаимно терпимые: в 1919 году в монастыре развернули госпиталь, и Наркомат здравоохранения выделял ежемесячно по 500 рублей на его содержание (впрочем, сумма по тем временам совсем символическая), но в 1922 году началась кампания по изъятию церковных ценностей, монастырь был разграблен большевиками. Изъятые ценности пошли на уплату репараций по Брестскому миру. В последний раз звенели колокола Головинского монастыря на Пасху в 1929 году. Послушниц распустили по домам, а сестёр выслали - кого в зону, а кого на стройки социализма. Монастырские помещения превратили в общежития, просуществовавшие до 1970 года, потом их снесли и построили 12-этажные дома. До нашего времени сохранилась лишь колокольня. Село Головино исчезло, но его название сохранилось в Головинском шоссе, Головинских прудах, а с 1991 года - в названии района. В августе 1991 года, когда произошла реорганизация структуры органов исполнительной власти и территория города была поделена на 10 административных округов, а те, в свою очередь - на временные муниципальные округа был образован временный муниципальный округ «Головинский», с 5 июля 1995 года получивший наименование «Головинский район». 15 октября 2003 года «Головинский район» был преобразован во внутригородское муниципальное образование «Головинское». В ходе административных реформ (2015-2017 годов) муниципальное образование «Головинское» преобразовано в муниципальный округ «Головинский» в городе Москва.