Дата принятия: Утверждён решением Совета депутатов сельского поселения Якотское №6 от 14 августа 2007 года.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №3716.
Описание: "Прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3, состоящее из двух горизонтальных полос: белой с чёрными стилизованными горностаевыми хвостами и голубой (в отношении 1/2), и несущее в середине изображения фигур из герба поселения: княжеской шапки на горностаевой полосе и пяти белых рыб на голубой полосе".
Обоснование символики: Среди многих сельских поселений Московской области Якотское выделяется тем, что на территории поселения расположен Всероссийский научно-исследовательский институт пресноводного рыбного хозяйства (посёлок Рыбное), а при нем уже долгие годы готовит кадры для рыбной промышленности Дмитровский рыбопромышленный техникум. Это нашло отражение на флаге сельского поселения - рыбы на голубом поле. Лазурное поле символизирует и реку Якоть, и водохранилище на ней расположенное. История поселения и составляющих его сёл, деревень и посёлков неразрывно связана с Дмитровским уездом, а ныне с Дмитровским районом, в состав которого поселение входит. На флаге поселения представлена часть флага Дмитровского района - княжеская шапка на горностаевом меху. В разных селах и деревнях сельского поселения в разное время жили князья Шуйские (род ведёт начало от легендарного Рюрика и киевского князя Владимира, в 1606 году Василий Шуйский стал царём России), Прозоровские (один из которых был генерал-фелдмаршалом), Голицыны (род ведёт своё начало от Великого князя Литвы Гедемина), принадлежавшие к избранным родам России, что также символизируется горностаевым мехом. Белый цвет (серебро) - символ чистоты, ясности, открытости. Лазурь - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения. Горностаевый мех - знак королевского достоинства, светской и религиозной знатности.
Авторская группа:
идея: Константин Мочёнов (г. Химки), Алла Шведова (г. Химки);
художник: Алла Шведова (г. Химки);
компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева, Алла Шведова (г. Химки);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (г. Химки).
Источники.