Дата принятия: Флаг 2001 года признан утратившим силу 26 апреля 2006 года Решением Совета депутатов Ступинского муниципального района №101/8 "О флаге муниципального образования Ступинский муниципальный район".
Описание: "Флаг Ступинского муниципального района представляет собой прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее гербовую композицию: на лазоревом (голубом, синем) полотнище с зелёной волнистой оконечностью, золотой (жёлтый), летящий вправо сокол с серебряным (белым) клювом над двумя золотыми (жёлтыми) равноконечными крестами, плечи которых дугообразно сужаются к концам плеч и центрам крестов; каждый из крестов вписан в ромб с вогнутыми сторонами; под крестами - волнистый серебряный (белый) пояс".
Обоснование символики: Флаг разработан на основе герба, который языком символов и аллегорий отражает исторические, культурные и природные особенности района. Сокол - символ храбрости, разума, красоты и устремлённости в будущее. Изображенные под ним золотые эмблемы - два скрещенных пропеллера, вписанные в ромбы, символизируют авиацию и причастность Ступинской земли к авиастроению. Четырёхконечная форма звезды (ромб) выбрана как древний символ путеводности и уверенности в правильном выборе пути. В нижней части волнистая белая полоса - символ реки Оки. Зелёная полоса указывает на природное разнообразие района и развитость сельского хозяйства. Голубой цвет - символ чести, благородства, духовности. Зелёный цвет - символ природы, здоровья, жизненного роста. Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания. Жёлтый цвет (золото) - символ богатства, стабильности, интеллекта и уважения.
Авторская группа:
идея: Павел Челпан (г. Ступино), Сергей Володин (г. Ступино), Борис Макаров (г. Ступино), Константин Мочёнов (г. Химки);
обоснование символики: Павел Челпан (г. Ступино), Кирилл Переходенко (г. Конаково);
компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (г. Москва).
Источники. Статья Б. В. Макарова в журнале "Гербовед" №41.