Дата принятия: Флаг города Протвино утверждён решением городской Думы №164/45 22 июня 1999 года.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №666.
Описание: "Прямоугольное полотнище, разделённое по-диагорнали на две части серебристо-белой дугой, выходящей из левого нижнего (от древка) угла и расширяющейся к правому верхнему углу. На расстоянии 1/3 от левого нижнего угла дуга расторгнута и соединена с двумя серебристо-белыми цепными звеньями накрест, сопровождаемыми внутри серебристо-белым безаном. Часть полотнища, находящегося над дугой, сине-голубого цвета, часть полотнища под дугой - изумрудно-зелёного цвета. Отношение длины полотнища к ширине 3:2".
Обоснование символики: Главная фигура флага - символическое изображение атома. Символика флага понятна: посёлок Протвино возник 19 апреля 1960 года при Институте физики высоких энергий, который основан в связи со строительством ускорителя протонов.
Источники. Книга К. Мочёнова "Официальные символы Подмосковья".