Дата принятия: 11 сентября 2001 года местный Совет депутатов Решением №24/86 утвердил "Положение о флаге Черноголовского муниципального образования".
В Государственный геральдический регистр России внесён под №907.
Описание: "Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, разделённое на две части: меньшую, красную, расположенную у древка и занимающую 1/6 длины полотнища, и большую, голубую, несущую изображение красного дерева со стволом, расходяцимся натрое и зелёной кроной над зелёной полосой по нижнему краю полотнища в 1/6 ширины, отделённой от голубой узкой жёлтой полосой в 1/40 общей длины".
Обоснование символики: 2 чёрных клина в нижней части флага символизируют железнодорожную магистраль. Восходящее солнце, означающее возрождение, жизнь, силу и стойкость, указывает на природно-географическое расположение города - на востоке Московской области. Дуга с колокольчиком аллегорически показывает старинный торговый путь из Москвы в Нижний Новгород.
Авторская группа:
идея: Лев Н. Распопов (г. Черноголовка), К. Ф. Мочёнов (г. Химки);
компьютерный дизайн - С. Исаев (г. Москва).
Источники. Книга К. Моченова "Официальные символы Подмосковья", М., 2003 год.