Административным центром Ягоднинского городского округа является посёлок городского типа Ягодное.
 
Гербы и эмблемы имеют также входящие в состав района административно и расположенные в нём территориально следующие муниципальные образования, населённые пункты и др.: пгт. Бурхала, пгт. Верхний Ат-Урях, пгт. Дебин, пгт. Оротукан, пгт. Синегорье, п. Спорное.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Ягоднинский район образован в 1953 году. Законом Магаданской области от 24 апреля 2015 года №1891-ОЗ, упразднено сельское поселение «посёлок Спорное» и его территория отнесена к межселенной территории в границах муниципального образования «Ягоднинский муниципальный район Магаданской области». Законом Магаданской области от 24 апреля 2015 года №1888-ОЗ, 15 мая 2015 года городские поселения «посёлок Ягодное», «посёлок Бурхала», «посёлок Дебин», «посёлок Синегорье» и «посёлок Оротукан» преобразованы, путём их объединения, в муниципальное образование «Ягоднинский городской округ» с административным центром в посёлке Ягодное. Соответствующая административно-территориальная единица Ягоднинский район сохранил свой статус. Постановлением правительства Магаданской области от 23 марта 2017 года №223-пп были упразднены посёлки Ларюковая, Пролетарский и Речная. Заброшенные населённые пункты: посёлки Верхний Ат-Урях, Горный, Имени Горького, Калинин, Мылга, Одинокий, Пятилетка, Речная, Туманный, Усть-Таскан.