Дата принятия: Утверждён 30 октября 2012 года решением Совета депутатов ЗАТО город Железногорск №30-169Р.
В Государственный геральдический регистр России внесён 26 декабря 2012 под №8026.
Описание: "Прямоугольное красное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, с изображённым посередине фигур герба ЗАТО Железногорск: белого знака атома из трёх переплетённых орбит, и внутри орбит - продетого сквозь них жёлтого, с белыми клыками и когтями, медведя, передними лапами разрывающего белое ядро знака атома, а задними лапами упирающийся в две из трёх орбит".
Обоснование символики: Флаг разработан на основе герба ЗАТО Железногорск. Город Железногорск - закрытое административно-территориальное образование был основан в 1950 году как посёлок Красноярск-26 при оборонном предприятии - комбинат №815 (с 1961 года - Горно-химический комбинат, в настоящее время - Федеральное государственное унитарное предприятие «Горно-химический комбинат»). ФГУП «ГХК» - единственное в мире производство огромного масштаба и высокой технологической сложности, размещённое в подземных выработках. Комбинат являлся ключевым производством в обеспечении атомной промышленности оружейным плутонием. Другими градообразующими предприятиями стали Открытое акционерное общество «Информационные спутниковые системы» имени академика М. Ф. Решетнёва, ФГУП «Управление специального строительства по территории №9 при Спецстрое России» и Химический завод - филиал Открытого акционерного общества «Красноярский машиностроительный завод». В современном городе продолжают развиваться ядерные технологии, здесь выпускается 70% российских спутников гражданского назначения, создана мощная производственная база для промышленного и гражданского строительства. Железногорск по праву считается городом передовых достижений науки и техники. Медведь, разрывающий ядро в структурной решётке атома, символизирует соединение сил природы и человеческой мысли, и является аллегорией самого Железногорска, построенного в тайге по принципу ограниченного изменения природного ландшафта. Жёлтый цвет (золото) - символ богатства, стабильности, интеллекта, уважения, энергии. Белый цвет (серебро) - символ чистоты и совершенства, мира и взаимопонимания. Красный цвет - символ мужества, силы, трудолюбия, красоты, праздника.
Авторская группа:
идея: В. А. Григорьев (г. Железногорск);
вексиллологическая доработка: Владимир Дюков (г. Красноярск), Константин Мочёнов (г. Химки);
художники: Валерий Григорьев (г. Железногорск), Ольга Салова (г. Москва);
компьютерный дизайн: Ольга Салова (г. Москва);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (г. Конаково).
Источники.