Дата принятия: 20 февраля 2002 года Решением Городского Совета №14-137Р городской флаг был официально утверждён.
Описание: "На красном полотнище с соотношением сторон 1:1,6 в левой стороне размещена синяя полоса с отступом от левого края на половину её ширины. Справа от синей полосы на красном фоне полотнища в центре размещено золотое изображение части геральдического щита герба ЗАТО Железногорск - символ города, медведь в электронных орбитах, разрывающий атомное ядро. Габаритная ширина символа соответствует ширине синей полосы".
Обоснование символики: Красный цвет флага символизирует храбрость, мужество и неустрашимость. Синяя полоса символизирует реку Енисей. Золотой цвет - символ богатства, справедливости и великодушия.
Автор: В. В. Гребешков.
Источники. Официальный сайт Администрации ЗАТО города Железногорска; информационный сайт города Железногорска.