Дата принятия: Утверждён решением Шушенского поселкового Совета депутатов от 30.01.2009 года №70-219.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №4732.
Описание: "Прямоугольное зелёное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее вдоль верхнего края белую полосу, край которой вырезан в виде изломанной линии и образует три одинаковых выступа с зелёной стороны; на основной, зелёной части полотнища, посередине воспроизведены жёлтые фигуры двух танцующих журавлей; на полосе, над средним выступом - красная восьмилучевая звезда из герба поселения".
Обоснование символики: Флаг разработан на основе герба. Посёлок Шушенское основан в 40-х годах XVIII столетия первыми русскими землепроходцами. Место было выбрано не случайно - устье реки Шуши, впадающей в Енисей, было благоприятным местом для обороны, реки стали надёжными транспортными артериями. Природа благоприятствовала развитию сельского хозяйства, ставшему основным занятием местных жителей. И сегодня посёлок Шушенское - центр крупного сельскохозяйственного района. Использование на флаге зелёного цвета - символа природы, молодости, здоровья, жизненного роста, отражает сельскохозяйственную направленность развития экономики муниципального образования. Природное богатство края отражено на флаге фигурами танцующих журавлей, здесь расположены Государственный Саяно-Шушенский природный биосферный заповедник и Национальный парк "Шушенский бор". Журавли издавна считаются символом благополучия, поскольку обитают только в спокойной и миролюбивой обстановке. Одним из любимых мест шушенцев стало место Журавлиная горка - местная природная достопримечательность. Трёхгорье напоминает о том, что посёлок расположен в предгорьях Западных Саян - горной стране на юге Сибири. С 1920-х годов Шушенское получило широкую известность, как место трёхлетней (1897-1900 годы) сибирской ссылки В. И. Ленина, в 1930 году здесь был открыт музей-Дом-музей В. И. Ленина, который впоследствии был преобразован сначала в музей-заповедник "Сибирская ссылка В. И. Ленина", а позже в историко-этнографический музей-заповедник "Шушенское". На флаге это символически отображено стилизованной красной звездой. Красный цвет - символ труда, мужества, силы, красоты и праздника. Жёлтый цвет (золото) - символ урожая, богатства, стабильности, солнечного света, уважения и интеллекта. Белый цвет (серебро) - символ чистоты и совершенства, мира и взаимопонимания.
Авторская группа:
идея: Константин Мочёнов (г. Химки), Наталья Черногубова (пгт. Шушенское);
художник и компьютерный дизайн: Оксана Фефёлова (г. Балашиха);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (г. Конаково).
Источники.