Дата принятия: Утверждён решением муниципалитета города Енисейска Красноярского края №80 от 10 июля 1998 года.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №482.
Описание: «Прямоугольное двустороннее зелёное полотнище с отношением ширины к длине 2:3 и голубой полосой внизу в 1/4 высоты, с изображением фигур городского герба».
Обоснование символики: За основу флага взят современный герб города Енисейска, составленный на основе исторического герба, встречающийся на печатях XVII века. Голубая оконечность показывает реку Енисей, на берегах которой расположен город, носящий её имя. Голубой цвет в геральдике - символ чести, славы, преданности, истины, красоты, добродетели и чистого неба. Зелёный цвет поля символизирует богатую сибирскую природу, плотно окружающую город. Зелёный цвет также символ здоровья.
Авторская группа:
идея: Константин Мочёнов (г. Химки), Валерий Никольский (г. Енисейск);
художник: Роберт Маланичев (г. Москва).
Источники.