Административным центром Боготольского района является город Боготол, в состав района не входящий.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Боготольский район образован 25 июля 1924 года. Как административная единица в составе Западно-Сибирского края Ачинского округа выделился в 1925 году (от Аргинской излучины до Чулымских гарей). В состав района до 1951 года входил и город Боготол, который являлся районным центром.