Дата принятия: Флаг Боготола утверждён решением Боготольского городского Совета от 3 июля 2008 года №14-367.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №4236.
Описание: "Прямоугольное красное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее вдоль нижнего края зелёную полосу в 2/9 ширины полотнища и воспроизводящее фигуры герба: единорога и колесо, выполненные белым и жёлтым цветами".
Обоснование символики: Флаг города разработан на основе герба. Становление и развитие Боготола во многом связано с Московско-Сибирским трактом, а также с Сибирской железнодорожной магистралью. Старый Боготол был крупным притрактовым селом. Удачное расположение позволило селу со временем стать значимым торговым центром округа, а при строительстве в 1890-х годах железной дороги, в Боготоле была образована железнодорожная станция. Современный город Боготол - один крупных железнодорожных узлов Красноярского края здесь расположены многочисленные службы железной дороги: локомотивное депо, вагонное депо, дистанция пути, дистанция связи, участок энергоснабжения. Боготол - молодой, динамично развивающийся город (статус города он приобрёл в 1911 году). Девизом местных жителей стала фраза: "Боготольцы верят в будущее развитие города и России". Фигуры флага отражают особенности города:
- Единорог - исторический символ, использовавшийся ещё на печать Красноярского острога в 1644 году, подчеркивает особую роль Боготола в жизни Красноярского края. Единорог опирающийся на колесо символизирует важность боготольского транспортного узла для экономики всего края.
- Единорог - традиционный символ силы и непобедимости, процветания, благоденствия, животворной энергии.
- Колесо - символ движения вперед, развития, неутомимости, в гербе города также символизирует транспортный узел.
Жёлтый цвет (золото) - символ уважения, интеллекта, богатства, стабильности. Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания. Красный цвет - символ мужества, силы, труда, красоты. Зелёный цвет - символ природы, здоровья, жизненного роста; в гербе города подчёркивает плодородие боготольской земли.
Авторская группа:
идея: Константин Мочёнов (г. Химки), Олег Милусь (г. Москва);
художник и компьютерный дизайн: Оксана Фефёлова (г. Балашиха), Галина Русанова (г. Москва);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (г. Конаково).
Источники.