Дата принятия: Утверждён решением совета муниципального образования Брюховецкий район от 16.11.2006 года №168.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №2744.
Описание: "Флаг представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, разделённое по горизонтали на две равные полосы - малиновую и зелёную, посередине полотнища изображены фигуры герба района: белый свиток и поверх него жёлтые насека и скрещённые булава и пернач".
Обоснование символики: Флаг разработан на основе герба района. Брюховецкий район, окончательно образован в 1966 году. Однако районный центр - станица Брюховецкая известна гораздо раньше. Станица выросла из Брюховецкого куреня. Это один из 38 бывших запорожских куреней, прибывших на Кубань в 1792-1793 годах в составе Черноморского Казачьего войска. На флаге языком символов и аллегорий отражены важнейшие события истории, как станицы, так и всего Кубанского казачьего войска. Белый развёрнутый свиток - аллегорически показывает жалованную грамоту Екатерины Великой черноморцам на владение кубанскими. Булава, пернач и насека - главные войсковые символы казачьей власти. На флаге Брюховецкого района они символизируют мужество и самоотверженность местных казаков, спасших войсковые регалии в тяжёлом 1918 году. Малиновый цвет символизирует достоинство, славу, величие, также это цвет запорожского, затем черноморского и теперь кубанского казачества. Зелёный цвет является символом жизни, здоровья, роста, природы, в гербе района подчёркивает традиционно развитое сельское хозяйство - основу быта местных жителей. Жёлтый цвет (золото) - символ богатства, урожая, стабильности, уважения и интеллекта. Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания.
Авторская группа:
идея: Михаил Шарунов (г. Краснодар), Константин Мочёнов (г. Химки);
художник и компьютерный дизайн: Галина Русанова (г. Москва);
обоснование символики: Михаил Шарунов (г. Краснодар), Кирилл Переходенко (г. Конаково).
Источники.