Дата принятия: Утверждён решением Собрания депутатов муниципального района город Нея и Нейский район №157 от 25 мая 2007 года.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №3550.
Описание: "Прямоугольное полотнище, разделённое по вертикали на две равные части - белую и голубую; поверх линии деления изображена ель, снаружи вдоль края обрамлённая изогнутой полосой, повторяющей её очертания; в белой части ель зелёного цвета, а полоса голубого, в голубой части - ель жёлтая, а полоса белая".
Обоснование символики: До IX столетия на территории современного района жили племена Меря, на языке которых "неия" означает "переплетённая, извилистая река", а при заселении земель славянами название сохранилось. Геральдическая фигура - волнистое стропило, указывает на название реки, давшей имя городу и району. Ель в гербе (и флаге) символизирует лесопильную и деревообрабатывающую промышленность, которая стала быстро развиваться в Нее после открытия Волго-Вятской железной дороги в начале XX века. Геральдический приём - рассечение щита в гербе города Неи и Нейского района многозначно:
- символизирует линию железной дороги - город Нея возник на базе железнодорожной станции;
- указывает на то, что район находится в центре области;
- показывает связь реки и деревообрабатывающей промышленности - лесопильные заводы обычно располагались по берегу рек. Также взаимосвязь реки и промышленности подчёркивается повторением очертаний стропила, символизирующего реку, и ели.
Серебро в геральдике символизирует совершенство, благородство, мир и взаимопонимание. Золото в геральдике - символ уважения, постоянства, богатства, интеллекта. Зелёный цвет символизирует природу, надежду, возрождение, здоровье. Лазурь (синий, голубой) - символ чести, искренности, верности, чистого неба и водных просторов.
Авторская группа: В. Фёдоров, К. Мочёнов, О. Афанасьева, К. Переходенко, О. Фефёлова.
Источники. Книга "Гербовник Костромской области. Региональная и муниципальная символика", 2008 год.