Административным центром Нейского района является город Нея.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Нейский район образован в апреле 1929 года в составе Костромского округа Ивановской Промышленной области. 31 марта 1936 года передан в состав вновь образованной Ярославской области. С 13 августа 1944 года - в составе Костромской области. В соответствии с Федеральным законом №131 «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации» на территории Костромской области был создан муниципальный район «город Нея и Нейский район», в который вошли 2 административно-территориальные единицы - Нейский район с административным центром в городе Нея (город областного значения). В соответствии с Законом Костромской области от 30 декабря 2004 года №237-ЗКО образовано объединённое муниципальное образование муниципальный район город Нея и Нейский район, установлены его границы. На территории района образованы 12 муниципальных образований: 1 городское и 11 сельских поселений, город Нея вошёл в состав района как городское поселение. 8 декабря 2010 года в соответствии с Законом Костромской области №14-5-ЗКО объединены: Ёлкинское, Обелевское и Солтановское сельские поселения - в Солтановское сельское поселение; Кужбальское и Фуфаевское сельские поселения - в Кужбальское сельское поселение.