Дата принятия: Утверждён решением думы муниципального образования Куйтунский район от 18.03.2014 года №357.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №9468.
Описание: "Прямоугольное двухстороннее полотнище зелёного цвета с отношением ширины к длине 2:3, несущее по вертикальным краям жёлтые полосы шириной 1/5 длины полотнища. В центре полотнища изображён жёлтый стоящий олень".
Обоснование символики: Куйтунский район расположен в лесостепной зоне. Куйтун в переводе с бурятского (Хэйта, Хэйтан) обозначает два понятия:
- холод;
- обширные плоские, приподнятые степные пространства вдали от лесов, представляющие собой хорошие просторные пастбища и пахотные земли.
В основном эта площадь занята сельскохозяйственными угодьями. Богат и разнообразен дикий животный мир Куйтунского района. Символика флага Куйтунского района связана с его природными особенностями:
- зелёная часть флага с жёлтыми краями - аллегория просторных пастбищ (зелень) и пахотных земель с урожаем зерновых (золото);
- олень - символизирует богатую фауну здешних земель. Олень - символ благородства, неприхотливости, стойкости и долголетия.
Зелёный цвет символизирует весну, здоровье, природу, надежду. Жёлтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства, урожая.
Авторская группа:
идея: Николай Отчесов (Куйтунский район);
вексиллологическая доработка: Константин Мочёнов (г. Химки);
художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (г. Москва);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (г. Химки).
Источники.