Дата принятия: Флаг Холмогойского сельского поселения утверждён решением думы муниципального образования "Холмогойское сельское поселение" от 27 февраля 2018 года №5.
Описание: "Флаг муниципального образования Холмогойское сельское поселение представляет собой полотнище с отношением ширины к длине 2:3, на всю поверхность которого распространена композиция из герба муниципального образования с заменой геральдического золота - жёлтым, а геральдического серебра - белым цветом. Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны".
Обоснование символики: Волнистый пояс - река Залари; «Холмогой» от бурятского «могой»-змея; три вершины - три поселения в составе муниципального образования, холмистая местность; ели - хвойные леса; колосья - выращивание зерновых.
Источники.