Город Нефтеюганск является административным центром городского округа Нефтеюганск и Нефтеюганского района, но в состав района не входит.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. В июле 1961 года на берегу Юганской Оби около Усть-Балыкских юрт высадился отряд геологоразведчиков с бригадой плотников. Многие говорят, что посёлок назвали Партсъездовский, в честь ХХ съезда КПСС, хотя на самом деле так называлась площадь в центре города. 5 октября ударил первый нефтяной фонтан, затем были новые фонтаны. 18 декабря 1962 года из скважины Р-63 ударил фонтан с суточным дебитом нефти 800 тонн. Таких в Тюменской области ещё не было. После этого посёлок стал бурно расти, и вскоре его переименовали в Нефтеюганский, объединив в этом слове «Чёрное золото» и Юганскую Обь. В феврале 1966 года в Нефтеюганске было создано нефтепромысловое управление «Юганскнефть», позже преобразованное в нефтедобывающее объединение, которое принадлежало НК «ЮКОС». 16 октября 1967 года президиум верховного совета РСФСР издал указ «О преобразовании рабочего посёлка Нефтеюганск Сургутского района Ханты-Мансийского национального округа Тюменской области в город окружного подчинения». После принятия статуса, в январе 1968 года город Нефтеюганск встречал особого гостя - члена Политбюро ЦК КПСС, председателя совета министров СССР Алексея Николаевича Косыгина. В 70-х были построены первые каменные дома - были открыты ДК «Юность», кинотеатр «Юган». Было начато строительство гигантского нефтепровода: Самотлор - Усть-Балык - Тюмень - Уфа - Альметьевск. В 1980 году был образован Нефтеюганский район с центром в городе Нефтеюганске. 3 ноября 1984 года был открыт мост через протоку Юганская Обь - в прошлом связь летом ощуществлялась паромом, а зимой - ледовой переправой. После аукциона 19 декабря 2004 года предприятие НК «ЮКОС» перешло в собственность нефтяной компании «Роснефть». При этом стоит отметить, что «Роснефть» была меньше, чем её приобретение. Ныне это ООО «РН-Юганскнефтегаз», главное добывающее подразделение компании ОАО «НК „Роснефть“».