Дата принятия: Флаг города Еманжелинска утверждён постановлением городского собрания депутатов №215 20 ноября 2002 года.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №1123.
Описание: "Прямоугольное белое полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее в центре фигуру из герба города: чёрного лебедя с воздетыми крыльями, жёлтыми клювом и короной о пяти зубцах, плывущего по выщербленной полосе в 1/4 полотнища вдоль нижнего края, покрытой синей, окаймлённой жёлтым цветом, чешуёй".
Пояснение: Чёрный лебедь с золотой короной символизирует основное природное богатство региона - каменный уголь (месторождение бурого угля начало разрабатываться здесь в 1929 году), а также тепло, которое дает уголь. Волны символизируют озеро Большой Сарыкуль и реку Еманжелинку.
Авторская группа:
идея: К. Моченовым (г. Химки);
обоснование символики: Г. Туник (г. Москва);
компьютерный дизайн: Ю. Коржиком.
Источники. Книга К. Ф. Мочёнова, Г. А. Туник "Официальные символы Челябинской области и муниципальных образований", Челябинск, 2004 год.