Дата принятия: Флаг Агаповского района утверждён постановлением №87 районного совета депутатов 27 сентября 2002 года.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №1019.
Описание: "Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, разделённое по горизонтали на две неравные полосы: верхнюю жёлтую в 2/3 ширины полотнища и нижнюю в 1/3 ширины полотнища, выщербленную посередине и рассечённую пополам на синюю и красную части и воспроизводящее в центре композицию из герба района: зелёный трилистник на жёлтом фоне".
Авторы: К. Мочёнов, Г. Туник, С. Исаев.
Источники. Книга К. Ф. Мочёнова, Г. А. Туник "Официальные символы Челябинской области и муниципальных образований", Челябинск, 2004 год.