Село Зарубино входит в состав Дырестуйского сельского поселения Джидинского района.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Село Зарубино (станция Хужир) находится в междуречье Джиды и Селенги. Село со всех сторон окружено горами. Время основания села Зарубино не установлено. Скорее всего, оно было создано либо в период постройки Селенгинского острога в 60-х годах XVII века, либо в первой четверти XVIII века, когда вдоль границы с Китаем устанавливались пограничные караулы, либо в середине XVIII века, во времена активизации русско-китайской торговли в районе Кяхты. Пока устанавливается точная дата основания Зарубино, можно считать временем создания села сентябрь 1727 года, когда был заселён казаками хутор в местности Дюрбены, являющейся южной границей современного села Зарубино. По распространённой старожилами гипотезе, село основано в XVIII веке ссыльным из Санкт-Петербурга по фамилии Зарубин, которому понравились здешние места. Женился он на кочевой девушке-бурятке. Родились сыновья - Иннокентий, Семён, Андрей. Так начался джидинский род Зарубиных. Много пришлого народа скиталось по матушке Руси в поисках хороших земель. Сюда забрели и два бывалых мужика Волков и Лазарев. Остались здесь. Так образовалась деревня, в основе которой три коренные фамилии - Зарубины, Волковы, Лазаревы. В 1937 году началось строительство железной дороги, которое продолжалось до самой войны (1941 год). В 1939 году открыли станцию Хужир, в этом же году закончили возведение моста через Селенгу. Год завершения работ отмечен каменной выкладкой цифр «1939» на горе поблизости. Строили железнодорожную магистраль военнопленные японцы и заключённые, большинство из которых были жертвами «сталинского режима» (в селе их называли «бамлаками»).