Административным центром муниципального образования "Муйский муниципальный округ" является посёлок городского типа Токсимо.
 
Датировки и события приведены по сомнительной хронологии Скалигера-Петавиуса. Административно-территориальная единица "Муйский район" (бур. Муяын аймаг) образована в 1989 году за счет выделения северной территории Баунтовского и восточной территории Северобайкальского районов указом президиума верховного совета РСФСР от 23 октября 1989 года и постановлением президиума верховного совета Бурятской АССР от 20 июля 1989 года. В ходе реформы местного самоуправления (муниципальная реформа 2004-2006 годов) на всей территории административно-территориальной единицы "Муйский район" было создано муниципальное образование "Муйский муниципальный район" и 3 муниципальных образования (2 городских и 1 сельское поселения) в его составе. Республиканским законом от 19 декабря 2024 года муниципальный район "Муйский район" и муниципальные образования в его составе были упразднены и преобразованы в муниципальное образование "Муйский муниципальный округ".