Дата принятия: Флаг Шебекино и Шебекинского района утверждён решением Совета депутатов Шебекинского района и города Шебекино №1 от 10 июня 2003 года.
Описание: "Флаг представляет собой прямоугольное красное полотнище, в крыже которого (верхней четверти у древка) помещены фигуры герба Шебекинского района и города Шебекино: жёлтая бревенчатая башня с закрытыми воротами и прапором, сопровождаемая по сторонам двумя белыми подковами. На оборотной стороне полотнища помещено аналогичное зеркальное изображение. Соотношение сторон полотнища - 2:3".
Обоснование символики: Композиция флага основана на гербе города. Золотая башня символизирует ратные подвиги русских воинов по защите южных рубежей Русского государства со времён сторожевой и оборонительной службы на Нежегольском участке Белгородской черты в XVII веке до сражений на землях современного Шебекинского района в период Великой Отечественной войны. Две серебрянные подковы символизируют развитые в последние века на территории района земледелие и промышленность.
Авторы: Пальваль В. М., Пальваль С. В., Шаповалов В. А.
Источники. Сайт cтудии "Лобачёв" "Гербы и символы Белгородской области".