Дата принятия: Флаг района утверждён решением совета муниципального района Благоварский район республики Башкортостан от 11 июля 2006 года №11.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №2960.
Описание: "Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из пяти вертикальных полос зелёного, белого, зелёного, белого и зелёного цвета (ширина крайних зелёных полос по 1/4 длины полотнища, белых полос по 1/10 длины полотнища); в центре средней полосы головка хлебного колоса жёлтого цвета, поверх остьев которой шар синего цвета, обременённый взлетающим жаворонком жёлтого цвета".
Обоснование символики: Зелёное поле герба (и флага) – символ изобилия и плодородия, олицетворяет красоту земли, весеннее пробуждение природы, ликование и торжество жизни, мир и покой. В центре – стилизованный хлебный колос. Хлеб всегда был не только основой экономики района, но и мерилом человеческого достоинства, моральных и нравственных качеств людей, их высочайшего хлеборобского мастерства и трудолюбия. Это главное богатство земли благоварской, главная забота и основа благополучия её жителей. Здесь, на этой земле, живут потомки минских племён башкир, предводитель которых Канзафар-бий был инициатором добровольного вхождения Башкирии в состав Российского государства. Зёрна в золотом колосе герба – это символ единения благоварцев в их стремлении к добру и свету, к процветанию родной земли. Поющий жаворонок – одна из самых любимых народом птиц. Прилёт жаворонков знаменует приход весны, яркое и теплое свечение солнца, пробуждение земли, начало самого главного для крестьянина периода весенне-полевых работ. Символично, что жаворонок до восхода солнца просыпается и летает над полями и лугами до заката солнца. И его звонкая трель радует сердца тех, кто от зари до темна трудится на родной земле. Хлебный колос в изображении герба окаймляют две полосы серебряного цвета – цвета чистой воды, отображающего веру, добродетель и благородство, чистоту помыслов. Одновременно это символическое изображение двух рек района – Чермасана и Кармасана.
Автор: Талгат Масалимов.
Источники. Книга "Башкоротостан. Государственные символы и символика городов и районов", Уфа, 2007 год.