Дата принятия: Флаг Бакалинского района утвержден решением Совета муниципального района Бакалинский район Республики Башкортостан от 17 июля 2006 года №108.
В Государственный геральдический регистр Российской Федерации герб внесён под №3199.
Описание: "Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Бакалинского района в зеленом и желтом цветах".
Обоснование символики: В гербе нашли отражение исторические, социально-экономические и иные особенности района. Главное богатство района - земля. Согласно летописи в далеком XVII веке она принадлежала башкирам Киргизской, Бюлярской и других волостей. В результате их активного освоения появляется Бакалинская крепость, положившая впоследствии начало современному Бакалинскому району. Главной фигурой герба является композиция из трех золотых колосьев в золотой подставке, которая означает, что основной деятельностью в районе является производство сельскохозяйственной продукции, занятие земледелием. Вся композиция указывает, что в районе проживает многонациональный, трудолюбивый народ, объединенный созидательным трудом. Золотой цвет - это символ справедливости, милосердия, смирения, а также богатства, знатности и самостоятельности. Рельеф местности в районе увалисто-холмистый, покрытый березовыми, хвойными, дубовыми лесами, занимающими одну треть его территории. Две большие реки Сюнь и Ик, около 100 родников, 18 рукотворных прудов являются несомненным украшением и достоянием бакалинцев. Ресурсы недр представлены месторождениями нефти, гравийно-песчаной смеси, глины, известкового камня. Поэтому цветом поля герба выбран зеленый цвет, символизирующий изобилие, плодородие, радость, свободу, покой и мир.
Автор: Салават Гилязетдинов.
Источники. Сайт "Государственного Собрания - Курултая Республики Башкортостан".