Дата принятия: Флаг города Агидель утверждён решением совета городского округа город Агидель республики Башкортостан от 13 июля 2006 года №121.
В Государственный геральдический регистр России внесён под №2946.
Описание: «Прямоугольное полотнище голубого цвета с соотношением ширины к длине 2:3, в центре которого шар красного цвета, окруженный тремя цикломорами белого цвета (один в пояс, два наискось) и разомкнутым вверху и внизу венком из двух оливковых ветвей жёлтого цвета».
Обоснование символики: Герб отражает историческую и экономическую особенности города, а также его географическую привязанность. Город Агидель расположен на правом берегу нижнего течения реки Белой (Агидель). Основанный как город-спутник Башкирской АЭС, город Агидель неразрывно связан с атомной энергетикой. На атомной энергетике в перспективе будет базироваться и экономика города, поэтому центральной фигурой герба выбран знак атома. Окружение атома разомкнутым оливковым венком указывает на мирный характер атома. Также золотой оливковый венок символизирует в гербе процветание, славу и богатство города. Лазоревый цвет поля герба – это символ совершенства, миролюбия и щедрости, а также движения вперёд, надежды и мечты. Серебряный цвет в гербе – символ веры, духовности, благородства, чистоты и искренности. Красный цвет знака атома символизирует тепло, а также любовь к родному городу, мужество, смелость и великодушие его жителей. Расположение города в бассейне больших рек изображено серебряными волнистыми линиями.
Автор: Салават Гилязетдинов.
Источники. Сайт "Государственного собрания - Курултая республики Башкортостан".