Дата принятия: 21 марта 2014 года районный совет депутатов утвердил положение "О Флаге муниципального образования Шипуновский район Алтайского края".
Описание: «Флаг района представляет собой полотнище из трёх вертикальных полос, синей, красной и синей. В центре флага воспроизведено изображение герба Шипуновского района. Отношение ширины флага района к его длине - 1:2. Полосы синего цвета равновелики по одной шестой длины флага».
Источники. Сайт Шипуновского района, 2014 год.