Дата принятия: Герб и флаг района утверждён решением Чойского районного совета депутатов №9-2 от 28 ноября 2003 года "Об итогах конкурса по символике муниципального образования "Чойский район".
Описание: "Флаг муниципального образования «Чойский район» условно делится на две равные части. Верхняя часть белого цвета, который символизирует святость и чистоту. В нижней части флага широкая изломанная линия символизирует голубые горы района. Семь вершин обозначают семь административных образований района. Тонкая волнистая линия — реки и озёра (воды) района. Нижняя часть флага обрамляет наиболее распространённый орнамент народности тубаларов, проживающих на территории района".
Источники. Официальный сайт администрации Чойского района.