Дата принятия: Флаг Алитусского района 2002 года.
Описание: «Флаг самоуправления района представляет собой красное квадратное (5:6) полотнище с тонкой золотой каймой с трёх сторон и навершием в виде золотой лилии, в центре которого изображён утверждённый 7 августа 2001 года указом президента Литовской республики герб самоуправления Алитусского района».
Пояснение: Литовский флаговед А. Слапсинскас (Audrius Slapsinskas) в ноябре 2003 года в международной веб-конференции "Flags of the World" сообщал также о виденном им флаге района с пропорцией сторон 1:2 и с жёлтым, а не золотым щитом.
Источники. Сайт администрации Алитусского городского самоуправления.